16 января 1913 года случился первый акт вандализма в музее:
иконописец Абрам Балашов, находясь в галерее, нанёс три ножевых удара полотну «Иван Грозный убивает своего сына» (картина Ильи Репина). Узнав о происшествии хранитель музея покончил с собой.
В годы Второй мировой войны коллекцию галереи прятали по всей стране. Большая часть работ была эвакуирована в Новосибирск, а другая временно переехала в город Молотов.